Présentations
Voici une liste de présentations récemment données dans le cadre de séminaires et/ou workshops
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15-02-2013 - TBI WinterSeminar@Bled, Slovenia
Suite à une invitation au séminaire d'hiver de l'Institut de Biochimie Théorique (Vienna, à l'origine du Vienna Package) présentation d'un algorithme de complexité paramétrée basée sur une décomposition arborescente (Présenté à WABI'11), développé en collaboration avec P. Rinaudo, A. Denise et D. Barth (Slideshonteusement pompésadaptés de la soutenance de thèse de P. Rinaudo). -
28-10-2012 - Nuit des chercheurs, Polytechnique
L'équipe-projet Inria AMIB a animé le stand de l'Inria Saclay lors de la manifestation européenne de vulgarisation Nuit des chercheurs. J'ai conçu, en collaboration avec Laure Guion et Emmanuelle Perrot (Communication, Inria Saclay), une animation axée sur l'algorithmique du repliement et du design de l'ARN. J'ai en outre codé deux petits logiciels Java, l'un simulant le repliement [Jar] combinatoire de l'ARN, et l'autre explicitant le problème, nettement plus épineux, du design [Jar]. -
04-07-2012 - CPM'12@Helsinki, Finlande
En collaboration avec Rolf Backofen (Uni Freiburg, Allemagne) et Saad Sheikh (University of Florida, USA), nous résolvons quelques problèmes liés à la complexité du repliement des ARN avec pseudonoeuds généraux, dans des modèles d'énérgie d'expressivité croissante. Nous montrons que les modèles d'énergie basés sur les empilements de paires de bases rendent le repliement NP-difficile presque toujours, mais aussi toujours approximable, au moins dans un ratio 5. Par comparaison, nous montrons la complète inapproximabilité du problème pour au moins un modèle d'énérgie basé sur les plus proches voisins. -
18-06-2012 - AOFA'12@Montreal, Canada
Présentation de travaux communs avec Jérémie Du Boisberranger et Danièle Gardy (Prism, Université de Versailles St Quentin, France) sur une variante du collecteur de coupons. L'originalité de nos travaux est leur application aux langages pondérés, pour une large sous-classe desquels nous donnons un théorème général explicitant le temps d'attente de la collection complète. -
12-06-2012 - Retraite ARN/IGM@Seillac, France
Un bref exposé introductif, présenté en commun avec Alain Denise (LRI/IGM, Paris XI, France), décrivant les principales approches in silico disponibles pour la prédiction de structure des ARN. -
06-04-2012 - Unithé ou Café, INRIA Saclay, France
Un exposé de vulgarisation des principes sous-jacents à l'algorithmique du repliement des ARN. -
06-03-2012 - VIZBI'12, EMBL Heidelberg, Allemagne
Présentation générale des techniques et problématiques rencontrées dans la visualisation des ARN. -
05-03-2012 - VIZBI'12, EMBL Heidelberg, Allemagne
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05-09-2011 - WABI'11, Saarbrücken, Allemagne
Présentation à WABI'11 (Saarbrücken, Allemagne) de travaux menés conjointement avec C. Saule (LRI/IRIC) utilisant des hypergraphes pour modéliser l'espace des repliements dans les algorithmes avec pseudo-noeuds. -
25-05-2011 - 12ème Salon Culture et Jeux Mathématiques, Paris
Co-animation du stand INRIA au 12ème salon Culture et Jeux Mathématiques (Paris). L'activité proposée tournait autour du thème du repliement de l'ARN, pour lequel nous proposions une activité manuelle ainsi qu'une présentation de vulgarisation scientifique (Voir l'application légère développée pour montrer les solutions). Activité proposée en collaboration avec M. Regnier, F. Lou, P. Rinaudo, V.-D. Tran, et A. Guilhot-Gaudeffroy (INRIA AMIB), ainsi qu'avec les services de communication des centres INRIA Saclay (L. Guion & E. Perrot) et Rocquencourt (A. Darnaud & H. Robak). -
25-04-2011 - IWBC/McGill@Barbados'11
Exposé au "1st Integrative Workshop on Biomolecular Complexes", présentant divers travaux utilisant des techniques de combinatoire discrète dans le contexte de la prédiction de structure et fonction de l'ARN. -
31-03-2011 - RECOMB'11@Vancouver, CA
Présentation d'un nouvel algorithme d'échantillonnage adaptatif pondéré permettant d'atteindre, à un surcoût minimal, des séquences issue d'une évolution sous contrainte. -
24-02-2011 - Sequence Processing'11@Dagstuhl
Formalisme d'hypergraphes et programmation dynamique pour le problème du repliement avec pseudonoeuds. Présentation d'extension naturelles vers des problèmes ensemblistes connexes. -
18-03-2011 - Séminaire MMC@Ecole PolytechniqueX
Présentation sur l'optimisation énergétique des ARN lors du séminaire Modélisation du métabolisme cellulaire organisé par Laurent Schwartz. -
14-11-2010 - Goupe de travail ROC, Strasbourg
Présentation des dernières extensions de VARNA en vue d'une intégration des recommandations du consortium Ontologie de l'ARN (ROC). -
03-09-2010 - Conférence GASCOM'10 (Montréal, Canada)
Présentation à l'UQAM (Montréal, Canada) lors de la conférence GASCOM'10 de travaux sur l'analyse de la redondance dans la génération pondérée, menés en collaboration avec Danièle Gardy (UVSQ). -
02-09-2010 - Computational Models for RNA à McGill (Montréal, Canada)
Exposé au centre de bioinformatique de l'université McGill (Montréal, Canada) au sein d'une série "Computational Models for RNA structures" décrivant des travaux récents sur l'extension d'une analogie hypergraphe pour la programmation dynamique sur les problèmes d'ARN. -
22-03-2010 - Séminaire du LACL (Paris XII/Créteil)
Une tentative de mise en évidence du lien unissant la combinatoire à l'évolution historique des algorithmes prédisant le repliement des ARN. -
22-03-2010 - Journées ALEA (Luminy)
Une réinterprétation combinatoire des principes du repliement in silico des ARN. -
25-02-2010 - Journées ARENA (Boussens)
Présentation des principes thermodynamiques et algorithmiques sous-jacents aux approches en moyenne pour le repliement de l'ARN à l'équilibre. -
25-02-2010 - Journées ARENA (Boussens)
Présentation des extensions récentes du logiciel VARNA dédié à la représentation des structures secondaires d'ARN : Sauvegarde de session, annotations de régions ... -
15-12-2009 - Séminaire OCAD (LIPN/Paris XIII)
Présentation de quelques résultats sur des problèmes d'énumération soulevés par l'étude du repliement de l'ARN. Plus spécifiquement, plaidoyer pour une étude combinatoire des espaces de conformations. -
27-11-2009 - Séminaire Bioinformatique (Université de Freiburg-Allemagne)
Courte présentation des méthodes génériques utilisées en combinatoire énumérative pour extraire des comportement asymptotique d'objets combinatoires simples (Langages rationnels et hors-contexte). Application à l'énumération des RNA shapes et discussion sur les limites d'une modélisation par des grammaires. -
20-03-2009 - Journées ALEA (Luminy)
Présentation préliminaire des principes et résultats de la génération aléatoire de Boltzmann multdimensionelle. Travail mené en collaboration avec O. Bodini (LIPN, Paris XIII) -
23-06-2008 - Conférence GASCOM'08 (Bibbiena-Italie)
Présentation d'un nouvel algorithme de génération aléatoire qui évite des objets déjà engendrés, tout en restant non biaisé (ex : Uniforme) parmi les objets restants.
