My Face
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Yann Ponty - CR CNRS@LIX
Software
Un composant JAVA dédié au dessin et à l'annotation des structures secondaires d'ARN, inclus dans une applet permettant une incorporation aisée au sein d'un serveur web. VARNA est distribuée dans un modèle Open Source selon les termes de la license GNU GPL. Parmi de nombreuses autres fonctionnalités, l'outil permet l'annotation de structures, un dessin automatisé selon 4 algorithmes classiques, un rendu simultané d'ARN dans un but de comparaison, une exportation des dessins obtenus dans de nombreux formats (svg,eps,jpeg,png,xfig) ...
Un logiciel consacré à la génération aléatoire de séquences génomiques structurées. Partant d'un modèle de séquences capturant au mieux les phénomènes avérés, GenRGenS permet la génération de séquences et permet par exemple une évaluation empirique de la significativité statistique d'un phénomène observé. Accepte plusieurs classes de modèles,dont les grammaires pondérées, les modèles de Markov (y compris HMM), les ProSITE patterns, les expressions régulières, ...
RIPCoCo - [Soon]
Logiciel permettant la prédiction probabiliste de l'amarrage de petits ARN non-codants à la surface d'une protéine. Des placements préférentiels pour les différents nucléotides sont initialement calculés par la méthode MCSS, puis sont combinés par un algorithme combinant programmation dynamique et techniques de color-coding.
Logiciel co-développé avec A. Jacquot (ENS Cachan) dans le cadre d'une collaboration avec O. Bodini (LIP6, Paris 6), A. Denise (LRI/IGM Université Paris-Sud), F. Leclerc (AREMS, Nancy 1).
Web servers
Ce serveur web implémente un algorithme de comparaison et de recherche de motifs dans des modèles 3D d'ARN. Ces problèmes étant notoirement difficiles (NP-Complet) selon des critères géométriques, DIAL utilise une heuristique en relâchant le problème en une comparaison de séquence (composite). Pour cela il définit un critère de similarité tenant compte à la fois des séquences, des structures secondaires (Inférées par RNAView) et des conformations locales (angles dièdres)
LocalMove est un algorithme de discrétisation de la structure des macromolécules, approchant le squelette des macromolécules par un chemin composé de pas contigus sur un réseau de Bravais. Ce problème étant NP-Complet, nous avons proposé une solution algorithmique de type recherche locale, procédant par substitution d'un chemin local par un autre, ce qui permet d'obtenir rapidement une approximation satisfaisante tout en garantissant une convergence asymptotique. De tels modèles peuvent être ensuite utilisés pour construire des espaces de conformations réduits pour le problème du repliement. De très nombreuses options sont disponibles concernant la configuration initiale, le type de réseau de Bravais (Réseau bi-dimensionnel carré, tri-dimensionnel cubique ou tri-dimensionnel cubique à faces centrées), la stratégie d'optimisation ...
Misc
Une application JAVA proposée comme une illustration de recherches menées en collaboration avec Mireille Bousquet-Mélou sur les propriétés de marches aléatoires uni-dimensionnelles sous contraintes. Le logiciel implémente la plupart des algorithmes (Méthodes récursive, par rejet et de Boltzmann) de génération aléatoire uniforme proposés dans l'article, engendrant des chemins du quart de plan non-contraints, positifs ou culminants.
Compression à base de grammaires - [Page dédiée] [Référence]
Une petite application JAVA illustrant les principes sous-jacents à quatre algorithmes de compression de séquences, reformulés comme des grammaires hors-contextes, analysés par Lehman et Shelat dans leur papier à SODA 2002.
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