Logiciels
VARNA
Un composant JAVA dédié au dessin et à l'annotation des structures secondaires d'ARN, inclus dans une applet permettant une incorporation aisée au sein d'un serveur web. VARNA est distribuée dans un modèle Open Source selon les termes de la license GNU GPL. Parmi de nombreuses autres fonctionnalités, l'outil permet l'annotation de structures, un dessin automatisé selon 4 algorithmes classiques, un rendu simultané d'ARN dans un but de comparaison, une exportation des dessins obtenus dans de nombreux formats (svg,eps,jpeg,png,xfig) ...
GeneValorization
L'ensemble des technologies à haut débit existant aujourd'hui permet d'étudier de nouveaux aspects de la biologie. Chacune fournit des informations fondamentales sur des milliers de gènes.
La plupart des laboratoires de recherche en biologie utilise ces technologies et identifie ainsi de façon quotidienne des listes de gènes d'intérêt particulier.
Face à la croissance exponentielle du nombre de publications pertinentes pour un ou plusieurs gènes, il devient de plus en en plus urgent d'aider les médecins et biologistes à accéder à l'ensemble des publications existantes pour un ensemble de gènes d'interet.
Ici, nous introduisons GeneValorization, un outil (application Java) qui vise à exploiter au mieux les efforts de text mining et data mining effectués sur les articles scientifiques.
GeneValorization donne rapidement un aperçu très clair et synthétique de la bibliographie disponible associée à une liste de gènes.
HSIM
HSIM est un outil de simulation de la dynamique des processus biochimiques dans une bactérie virtuelle. Le modèle est décrit dans un langage basé sur un système de réécriture probabiliste qui mime les réactions entre espèces biochimiques. Ce type de modélisation constitue une alternative compétitive aux équations différentielles pour étudier la diffusion et les interactions de nombreux types d'enzymes et métabolites dans la cellules, indépendamment des ordres de grandeurs de leur populations respectives. Le logiciel est disponible gratuitement, et des versions compilées sont disponibles pour les systèmes Windows, Linux et MacOSX.
CARTAJ
CARTAJ est un logiciel qui, partant de la structure secondaire d'un ARN, prédit la famille topologique de ses jonctions triples. Le logiciel est librement disponible sur son site dédié, à la fois sous la forme d'une application web et d'un exécutable Ruby. La méthode utilisée pour discriminer les familles, ainsi que ses résultats, sont décrits dans cet article.
